| In dieser Diplomarbeit werden Plasmaproben von 226 Patient*Innen, die an den Klinischen Abteilungen für Onkologie an der Medizinischen Universität Graz und am LKH Fürstenfeld behandelt wurden, zur Analyse von fokalen somatischen Kopienzahlveränderungen herangezogen. Ein Workflow zur Aufarbeitung genetischer Informationen, die Einbeziehung von Entscheidungsunterstützungssystemen wie dem NAVIFY Mutation Profiler (Roche) sowie der neuentwickelte Algorithmus CiberAMP werden präsentiert. Außerdem werden grundlegende Informationen zum kolorektalen Karzinom, insbesondere dessen molekulare Eigenschaften, in Folge einer Literaturrecherche dargelegt. Einblicke in Liquid Biopsy und die Präzisionsonkologie führen schließlich zu der Erläuterung möglicher therapierbarer Ziele und weiterer entdeckter Erkenntnisse in der untersuchten Kohorte.
Die Charakterisierung somatischer Kopienzahlveränderungen in Patient*Innen mit kolorektalem Karzinom wird unter anderem durch das Programm GISTIC (Genomic Identification of Significant Targets in Cancer), welches Treiberveränderungen anhand der Frequenz und der Amplitude der vorliegenden Events identifiziert, erreicht. Nach Bestimmung der Tumorfraktion und Ausschluss von Proben mit einem Prozentsatz von unter 5%, wurden insgesamt 742 Proben in GISTIC2.0 analysiert und schließlich durch die folgenden genannten Programme charakterisiert. Eine Fokussierung erfolgt dabei auf folgende Genabschnitte: 20q11.21, 20q13.2, 20q13.12, 20q13.33, 7p22.1, 20p11.1, 16p11.2, 8p22, 19p13.3 und 18q21.32. Der Vergleich von Amplifikation vs. Genexpression, insbesondere der Gene innerhalb des Cytobands chr16p11.2, erlaubt ein besseres Verständnis der genetischen Informationen und wird durch weitere Analysen in cBioPortal und OncoKB ergänzt. Die Webresource cBioPortal ermöglicht sowohl die Analyse und Erforschung als auch die Visualisierung von multidimensionalen genomischen Krebsdaten. Die Wissensdatenbank für Präzisionsonkologie OncoKB annotiert somatische molekulare Veränderungen hinsichtlich ihrer biologischen und onkogenen Effekte und beleuchtet deren prognostische und prädiktive Signifikanz. Die Charakterisierung von somatischen Kopienzahlveränderungen in Patient*Innen mit metastasierenden kolorektalen Karzinomen wird durch die Ergebnisse des Algorithmus CiberAMP schließlich vervollständigt. |
