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Bibliografische Informationen
 DNA-Qualitätskontrollmetriken für Proben, die für Genotyping Arrays verwendet wurden  
 Hintergrund
Die Qualitätskontrolle von Biobankproben spielt eine wichtige Rolle bei der Sicherstellung von hochqualitativen Daten bei nachfolgenden Analysen. Gleichzeitig müssen die Kriterien der Qualitätskontrolle für die entsprechende Situation passend sein. Eine kosteneffektive Lösung, um Kriterien für die Qualitätskontrolle zu entwickeln und zu verifizieren, ist die retrospektive Analyse bereits vorhandener Daten in einer Biobank. Diese Studie hatte zum Ziel, diesen Ansatz umzusetzen und die Kriterien für die Qualitätskontrolle für DNA Proben zu verbessern, die für Microarray-basiertes Genotyping eingesetzt wurden.

Methoden
Die Ergebnisse der Qualitätskontrolle nach dem Genotyping von 34.626 Proben wurden kombiniert mit bereits vorliegenden spektrophotometrischen Daten und Daten des Probenhandlings der Biobank. Hinzu kamen Daten von retrospektiv durchgeführten Agarosegelelektrophoresen, um die relevantesten Kriterien für die Qualitätskontrolle zu identifizieren. Diese Kriterien sollten dazu genutzt werden, die Ergebnisse der Daten der Qualitätskontrolle aus dem Genotyping vorherzusagen.

Ergebnisse
Diese Analyse hat ergeben, dass es eine signifikante Verbindung zwischen dem Scheitern einer Probe bei der Qualitätskontrolle des Genotypings und der Degradation der Proben-DNA im Agarosegel gibt. Spektrophotometrisch gemessene A260/A230 Verhältnisse waren ebenso vorhersagend für potentielle DNA Degradationsprobleme. Ein signifikanter Anstieg der DNA Konzentration und ein erhöhtes A260/A280 Verhältnis war für Proben potentiell vorhersagend für eine DNA Degradation in spezifischen Proben. Ein weiterer Effekt, der mit dem Scheitern der Qualitätskontrolle in Verbindung gebracht werden konnte, bezog sich auf die Position einer Probe in den Lagerplatten und den Genotyping Arrayplatten.

Diskussion
Die Verwendung Proben-bezogener Daten in einer Biobank in Verbindung mit einer schnellen und preiswerten Testung einer Subgruppe von Proben erlaubt es, Qualitätsprobleme von Proben während des Handlings und Prozessierens zu identifizieren, bevor eine Analyse gemacht wird. Der Effekt der Probenposition in den Platten könnte mit einer Evaporation von Proben an bestimmten Positionen in Verbindung gebracht werden. Eine bessere Versiegelung der Platten während des Prozessierens könnte diesen Effekt reduzieren.

Fazit
Die retrospektive Qualitätskontrolle in Verbindung mit der Analyse bereits vorliegender Probendaten zeigte sich als eine wertvolle Methode, um die Kriterien für die Qualitätskontrolle von DNA Proben zu verbessern.  
 Biobanking; DNA-Qualität; Genotypisierung  
 
 2019  
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Autorinnen*Autoren / Co-Autorinnen*Co-Autoren
  Smit, Steven
Betreuende Einrichtung / Studium
  Medizinische Universität Graz
 UO 992 740 Universitätslehrgang; Master of Science Biobanking  
Betreuung / Beurteilung
  Huppertz, Berthold; Univ.-Prof. Dr.rer.nat.