| Hintergrund: Entsprechend den aktuellen EASL Guidelines (European Association for the Study of the Liver) sollten der Genotyp und bei Genotyp 1 der Subtyp (1a oder 1b) des Hepatitis C Virus (HCV) vor Behandlungsbeginn bestimmt werden, da dieser Einfluss sowohl auf die Wahl als auch auf die Dauer der Therapie hat. Zurzeit sind sieben HCV Genotypen und über 67 verschiedene Subtypen bekannt. Zusätzlich wurden einige intra- und intergenotypische HCV-Rekombinationen identifiziert. Von diesen ist die sogenannte „St. Petersburg -Variante“ die häufigste.
Zielsetzung: Vergleich der Ergebnisse von drei Assays, basierend auf unterschiedlichen molekularen Methoden um den HCV Genotyp und Subtyp zu bestimmen.
Materialien und Methoden: In dieser Studie wurden insgesamt 279 Proben von Patientinnen und Patienten mit chronischer Hepatitis C untersucht. Der HCV Genotyp und Subtyp wurde mit 3 verschiedenen molekularen Techniken bestimmt: Sequenzierung (HCV core, NS2/NS3 Verbindung, NS3, NS5A und die NS5B Regionen), primer-spezifische Real-Time PCR mit dem cobas® HCV GT Assay (Roche) (5’UTR, Core, NS5B Regionen) und mit dem VERSANT® HCV Genotype 2.0 Assay (Siemens, LiPa) basierend auf reverser Hybridisierung (5’UTR und Core Regionen).
Ergebnisse: Von insgesamt 279 Proben wurden 53 als Genotyp 1, Subtyp 1b, 177 als Genotyp 2 und 48 als rekombinante HCV Formen bestehend aus Genotyp 2 und Genotyp 1 mittels Sequenzierung identifiziert (2k/1b, n=46; 2b/1a, n=1; 2a/1b, n=1). Bei einem Patienten wurde eine Doppelinfektion (2b/1b) gefunden. Alle 53 Proben mit dem Subtyp 1b konnten korrekt mit dem VERSANT® HCV Genotype 2.0 Assay identifiziert werden und bei 51 von 53 Proben konnte mit dem cobas® HCV GT Assay der richtige Subtyp zugeordnet werden (2 Proben ergaben Genotyp 1, ohne Angabe des Subtyps).
Bei den Genotyp 2 Proben wurden alle 177 mit dem VERSANT® HCV Genotype 2.0 Assay korrekt identifiziert, 174 von 177 Proben mit dem cobas® HCV GT Assay (3 Proben ergaben mit dem cobas® HCV GT Assay ein invalides Ergebnis). Der VERSANT® HCV Genotype 2.0 Assay bewertete alle 48 rekombinanten Proben als Genotyp 2. Der cobas® HCV GT Assay identifizierte 43 Proben als Genotyp 2 und Subtyp 1b (Doppelinfektion nicht auszuschließen) und 5 Proben als Genotyp 2. Eine Probe wurde basierend auf den Ergebnissen aller Geräte als Doppelinfektion aus Genotyp 1 und Genotyp 2 identifiziert.
Schlussfolgerung: Für die Untersuchung von Patientenproben, die keine rekombinanten Stämme enthalten, ist eine Analyse im Bereich der 5’UTR und Core Regionen ausreichend. Um rekombinante HCV Formen zu identifizieren muss eine zusätzliche Region nahe dem 3’-Ende des HCV-Genoms analysiert werden.
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