| Hintergrund: Bei der Liquid Biopsy handelt es sich um eine nicht-invasive Methode, welche die wiederholte Analyse und Echtzeitüberwachung von Tumorrezidiven, Metastasen oder therapeutischen Reaktionen ermöglicht. Die Liquid Biopsy wird in metastasierten Tumoren oder zur Feststellung einer MRD eingesetzt. Für alle diese möglichen Anwendungsgebiete sind Methoden mit hoher Sensitivität erforderlich, um kleinste Mengen ctDNA detektieren zu können.
Ziel: Das Ziel dieser Masterarbeit war die Validierung des Oncomine Colon cfDNA Assays hinsichtlich seine Detektionsfähigkeit von SNV sowie Indels in den im Assay enthaltenen Hotspotregionen. Zudem wurde die minimale nachweisbare Allelfrequenz (Limit of Detection) untersucht.
Methode: Es wurden anhand von fünf kommerziellen cfDNA-Kontrollen und fünf Plasmaproben von Patient*innen der Oncomine Colon cfDNA Assay durchgeführt. Die erhaltenen Sequenzierergebnisse wurden mit den Ergebnissen der Referenzmethode bzw. mit den Herstellerangaben verglichen. Es wurde Sensitivität, Spezifität, PPV, NPV und die diagnostische Genauigkeit berechnet. Um die LOD bestimmen zu können wurden die Parameter ebenfalls für Varianten mit 1%, 0,5% und 0,1% Allelfrequenz ermittelt.
Ergebnisse: Aus keiner Plasmaprobe konnte genügend cfDNA isoliert werden, um die Qualitätskriterien für die Detektion von 0,1% AF zu erreichen. Für die Detektion von Varianten mit einer AF von 1% konnte eine Sensitivität von 95,45% und eine Spezifität von 97,87% erreicht werden. Die Spezifität für Varianten mit 0,5% betrug 100% und eine Sensitivität von 92,86%, wobei es nicht möglich war die Mutation p.T1556fs*3 (c.4666_4667insA) im Gen APC zu detektieren, da diese in einer Homopolymerregion liegt und das Assay hier eine klare Limitation aufweist.
Konklusion: Der Oncomine Colon cfDNA Assay zeigte während der Testphase eine hohe Sensitivität und Spezifität von über 90% bei einer Allelfrequenz von 1% und wird daher zukünftig für die Liquid Biopsy Diagnostik in der Klinik Favoriten verwendet, wobei die minimale nachweisbare Allelfrequenz bei 0,5% liegt. Jedoch ist es notwenig die cfDNA-Ausbeute aus Plasmaproben zu verbessern.
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