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Medizinische Universität Graz    

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Bibliografische Informationen
 METADATA-CATALOG OF HISTOPATHOLOGICAL WHOLE SLIDE IMAGES  
 Einleitung

Die Digitalisierung der Pathologie schreitet global immer weiter voran. Durch die Implementierung von hochauflösenden Scannern in den histopathologischen Workflow werden große Mengen an Bilddaten mit dazugehörigen Metadaten erzeugt. Um diese Daten effizient zu verwalten, sie für die Forschung nutzbar zu machen und einzelne Fälle einfach aufzufinden, wird ein Metadatenkatalog für Whole Slide Images erstellt. Dieser Katalog soll von allen teilnehmenden österreichischen Pathologie-Instituten gleichermaßen befüllt werden, um so einen harmonisierten Datensatz zu erhalten, auf den alle beteiligten Institute Zugriff haben. Als Grundlage dienen das Laborinformationssystem des Diagnostik- und Forschungsinstituts für Pathologie in Graz, Kataloge, die im Rahmen von Forschungsprojekten entstanden und internationale Standards und Klassifizierungen. Ziel dieser Arbeit ist es, die Datenfelder für diesen Katalog zu ermitteln, die es ermöglichen, die vorhandenen Daten in strukturierter Form durchsuchbar zu machen und sie für die Forschung zur Verfügung zu stellen.

Methoden

Um zu eruieren, in welcher Form Daten aktuell am Diagnostik- und Forschungsinstitut für Pathologie in Graz gespeichert werden, werden die Struktur und die Datenfelder von PAS Xanthos, dem Laborinformationssystem, analysiert. Um den Bereich der Forschung miteinzubeziehen, werden Datenfelder untersucht, mit denen zwei Forschungskohorten, die ADOPT-Kohorte und die CRC-Kohorte, beschrieben werden. Auch Standards für Biobanking (MIABIS Core), Probenverwaltung (MIABIS Sample+Donor+Event) und digitale Pathologie (MIABIS Digital Pathology) werden untersucht. Auf Basis der Analyse dieser Datenfelder entsteht ein erster Entwurf von Datenfeldern für den Katalog. Dieser Entwurf wird in einem Workshop bearbeitet, an dem Patholog*innen, Forscher*innen, Techniker*innen von verschiedenen österreichischen PathologieInstituten teilnehmen. Nach der interdisziplinären Einigung auf ein finales Set an Datenfeldern im Rahmen des Workshops werden die Datenfelder in eine hierarchische Struktur gebracht und so miteinander verknüpft. Außerdem werden die Inhalte spezifischer Datenfelder auf internationale Standards, wie SNOMEDCT gemappt.

Ergebnisse

Das Ergebnis dieser Arbeit ist die Struktur, in der die Felder in der Katalogisierungssoftware abgebildet werden, die Auswahl der Datenfelder und das Mapping spezifischer Datenfelder auf internationale Standards wie SNOMED-CT. Es wird eine patientenzentrierte hierarchische Struktur erstellt, bei der die Unterkategorien immer einem bestimmten Patienten zuordenbar ist. Die Datenfelder, die im Rahmen der Bestandsanalyse und des darauffolgenden Workshops entstehen, werden in diese Struktur eingebettet und somit miteinander verknüpft. Vordefinierte Werte, die zur Befüllung spezifischer Datenfelder verwendet werden, werden auf den internationalen Standard SNOMED-CT gemappt.

Konklusion

Im Rahmen dieser Arbeit entsteht ein interdisziplinär abgestimmter Metadatenkatalog, der durch die Integration von internationalen Standards wie SNOMED-CT und einer patientenzentrierten Struktur eine Grundlage für die österreichweite Harmonisierung von Daten der digitalen Pathologie schafft. Die erfolgreiche Implementierung von 70.000 Datensätzen in Graz belegt die Machbarkeit und das Potenzial für die multizentrische Forschung. Jedoch zeigen sich im Laufe der Arbeit auch deutliche Herausforderungen, wie das Finden der Balance zwischen diagnostischer Effizienz und Detailtiefe und der für die Forschung notwendigen Kodierung von Daten. Limitationen hinsichtlich der Repräsentativität der Bedürfnisse aller zukünftigen Nutzer*innen ergeben sich durch die kleine Gruppe der Teilnehmenden am Workshop. Auch der hohe Wartungsaufwand, der sich durch zukünftige Änderungen medizinischer Standards ergeben kann, muss berücksichtigt werden. Zukünftige Arbeiten sind erforderlich, um eine Automatisierung der Datenextraktion zu ermöglichen.  
 Digitale Pathologie; Whole slide imaging; Metadatenkatalog; Forschungsdaten-Management  
 
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Autorinnen*Autoren / Co-Autorinnen*Co-Autoren
  Zerner, Carmen; BSc
Betreuende Einrichtung / Studium
  Diagnostik & Forschungsinstitut für Pathologie
 UO 202 Humanmedizin  
Betreuung / Beurteilung
  Plass, Markus; Dipl.-Ing. Dr.scient.med. BSc
  Regitnig, Peter; Ao.Univ.-Prof. Dr.med.univ.