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Medizinische Universität Graz    

Meine Abschlussarbeiten - Publikationen

Diplomarbeit - Detailansicht
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Bibliografische Informationen
 Das intratumorale Mikrobiom in primären und metastatischen Karzinomen des Aerodigestivtrakts.  
 Einführung: Lungen- und kolorektale Karzinome zählen weltweit zu den häufigsten und tödlichsten malignen Erkrankungen. Dies verdeutlicht die Bedeutung eines besseren Verständnisses dieser Tumorentitäten und der Krebsbiologie insgesamt. Neben genetischen Mutationen rückt zunehmend das Tumormikromilieu in den Fokus, insbesondere die mögliche Rolle intratumoraler Mikroorganismen.



Methodik: Ziel dieser Arbeit war es, die bakterielle Last in archiviertem FFPE-Tumormaterial mittels 16S-basierter qPCR und droplet digital PCR (ddPCR) zu quantifizieren und mögliche Zusammenhänge mit histopathologischen Parametern sowie ausgewählten genetischen Mutationen zu untersuchen. Untersucht wurden 21 Tumorproben, darunter primäre kolorektale Karzinome, primäre Lungenkarzinome sowie pulmonale Metastasen kolorektaler Karzinome. Die verwendete DNA stammte aus Restmaterial der routinemäßigen molekularpathologischen Diagnostik. Zusätzlich wurden Nekrose, Muzingehalt und entzündliche Infiltration anhand von H.E.-Schnitten semiquantitativ evaluiert.



Ergebnisse: Die mittels qPCR und ddPCR bestimmten 16S-rRNA-Kopienzahlen korrelierten stark positiv miteinander (Spearman r = 0.90, p = 0.0009, n = 10). Im Vergleich zur qPCR erwies sich die ddPCR jedoch als sensitiver, insbesondere bei niedriger bakterieller DNA-Menge. In den Gruppenvergleichen zeigten kolorektale Karzinome die höchste und primäre Lungenkarzinome die niedrigste bakterielle Last. Lungenmetastasen wiesen signifikant höhere Nekroseanteile auf als die Primärtumoren. Eine signifikante negative Korrelation bestand zwischen der ddPCR-basierten bakteriellen Last und dem Ausmaß der entzündlichen Infiltration (Spearman r = −0.65, 95%-KI −0.85 bis −0.29, p = 0.0015, n = 21). Für die bakterielle Last und Nekrose, Muzingehalt sowie den Mutationsstatus von KRAS, TP53 und PIK3CA ergaben sich keine signifikanten Zusammenhänge.



Diskussion: Ein methodischer Vorteil der Studie liegt in der Verwendung übriggebliebener DNA aus der Routinediagnostik, die aus seriellen Schnitten unmittelbar nach den histologisch beurteilten Präparaten gewonnen wurde. Dadurch war eine direkte räumliche Zuordnung zwischen molekularen und morphologischen Befunden möglich. Gleichzeitig zeigt die Arbeit, dass eine bakterielle Quantifizierung grundsätzlich in bestehende diagnostische Abläufe integrierbar ist. Zusammenfassend belegt die Studie die Nachweisbarkeit intratumoraler bakterieller DNA in FFPE-Material und weist auf eine mögliche Interaktion zwischen bakterieller Last und tumorassoziierter Entzündung hin.

 
 Tumormikrobiom;CRC;Lungenkarzinom;16s rRNA;TME;  
 
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Autorinnen*Autoren / Co-Autorinnen*Co-Autoren
  Gorkiewicz, David
Betreuende Einrichtung / Studium
  Diagnostik & Forschungsinstitut für Pathologie
 UO 202 Humanmedizin  
Betreuung / Beurteilung
  Zacharias, Martin; Univ. FA Dr.med.univ.
  Höfler, Gerald; Univ.-Prof. Dr.med.univ.