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Medizinische Universität Graz    

Meine Abschlussarbeiten - Publikationen

Diplomarbeit - Detailansicht
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Bibliografische Informationen
 Evaluierung von Datenfilterungsstrategien von Whole Exome - Daten mittels Kombination von Homozygotiekartierung und softwarebasierter genomweiter Variantenpriorisierung  
 Erbliche Hautkrankheiten werden durch eine Vielzahl unterschiedlicher Mutationen in verschiedenen Genen verursacht, sind häufig selten und daher auch schwieriger zu diagnostizieren. Abhängig von der spezifischen Mutation kann der Phänotyp stark variieren. Eine Diagnose ist für die Behandlung der Krankheit von entscheidender Bedeutung. Die Teilnehmer dieser Studie waren drei verschiedene pakistanische Familien mit konsanguinen Beziehungen und erblichen Hautkrankheiten.

DNA-Proben wurden aus Vollblut gewonnen, das von betroffenen und nicht betroffenen Personen in den Familien abgenommen wurde. Es wurde eine Whole-Exome-Sequenzierung durchgeführt, und die Daten wurden verwendet, um homozygote Regionen durch Homozygotie-Kartierung ausfindig zu machen und weiters mithilfe softwarebasierter Tools möglich Varianten zu filtern. Durch diesen Prozess konnten in allen drei Familien Kandidatenvarianten identifiziert werden. Diese wurden dann durch Segregation der Varianten mittels Sanger-Sequenzierung bestätigt.

In einer Familie wurde die Erkrankung als ektodermale Dysplasie identifiziert, mit einer Deletion von 4 bp (p.Lys240fs) in Exon 8 des EDAR-Gens. Diese Mutation führte wahrscheinlich zu einem verkürzten Protein, welches die Struktur der Haare und Zähne der betroffenen Personen beeinträchtigte.

Die zweite Familie leidet an Porphyria variegata, einer seltenen genetischen Stoffwechselstörung, deren häufigstes Symptom eine Lichtempfindlichkeit der Haut ist. Eine Missense-Mutation (c.1387G>A) wurde in Exon 13 im PPOX-Gen gefunden und führte zu einer Veränderung der Aminosäuresequenz (p.Gly463Arg) und damit zu der Erkrankung.

In der dritten Familie wurde eine Missense-Mutation (c.400T>C) in Exon 3 des Gens TGM1 gefunden. Dieses Gen ist eine bekannte Mutationsstelle für Patienten mit autosomal-rezessiver kongenitaler Ichthyose (ARCI), welche auch dem Phänotyp der dritten Familie entspricht.

Die Entdeckung der ursächlichen Varianten ermöglicht eine definitive Diagnose für die Patienten in diesen drei Familien. Den Patienten können Informationen und in einigen Fällen auch Behandlungen angeboten werden. Darüber hinaus treibt diese Arbeit die Forschung voran, indem sie die Datenbanken zu Krankheitsgenen erweitert und neue pathogene Varianten aufdeckt.  
   
 
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Autorinnen*Autoren / Co-Autorinnen*Co-Autoren
  Spitzer, Sophie Teres
Betreuende Einrichtung / Studium
  Diagnostik & Forschungsinstitut für Humangenetik
 UO 202 Humanmedizin  
Betreuung / Beurteilung
  Windpassinger, Christian; Assoz. Prof. Priv.-Doz. Mag. Dr.rer.nat.